En el año 2004 obtuvo nuevamente el Clausura 2004, derrotando esta vez a Nacional en las finales y consagrándose Campeón Uruguayo. En el siglo XXI ganó los campeonatos Apertura 2001 y Clausura 2002, pero perdió ambas finales por el Campeonato Uruguayo ante el Club Nacional de Football. Finalmente caería derrotado ante Atlético Nacional de Medellín que luego se consagraría campeón de esa edición de la Copa.