Tras la era Irureta, entrenador del «Euro Dépor», el club coincidiendo con la celebración de su centenario en 2006, entra en una etapa de transición caracterizada por una grave crisis económica y las deudas. La IFFHS, colocó al club como el 19.º de Europa y 24º del mundo en la primera década del siglo XXI. En la Liga se incorporaba la novedad de que tendrían acceso a la Liga de Campeones los 4 primeros clasificados, en lugar de dos en las dos temporadas anteriores.