También tiene un equipo reserva de la Primera División en el que participa anualmente en el Torneo de Reserva. En la fase final, eliminó a Nueva Chicago en semifinales asegurándose el retorno a Primera División. Independiente es uno de los clubes fundacionales de la Primera División de futsal argentino y actualmente compite en la categoría. Arrate jugó 4 partidos de aquel torneo y marcó un gol, Artola disputó 2 partidos y Silverio uno; mientras que Eizaguirre y Carrasco no llegaron a debutar.